理論上填料總的比表面積是按照每一單位體積生物載體比表面積的數量來定義的，一般為700m2/m3。當生物膜在載體內部生長時，實際有效利用的比表面積約為500m2/m3此類型的生物填料有利干微生物在填料內側附著生長，形成較穩定的生物膜，并目容易形成流化狀態。當預處理要求較低或污水中含有大量纖維物質時，例如在市政污水外理中不采用初沉池或者在處理含有大量纖維的造紙廢水時，采用比表面積較小。尺寸較大的生物填料，當已有較好的預處理或用于硝化時，采用比表面積大的生物埴料。
合適的水力停留時間(HRT)是確保凈化效果和工程投資經濟性的重要控制因素。水力停留時間的長短將直接影響到水中有機物與生物膜的接觸時間，進而影響微生物對有機物的吸附和降解效率，所以針對不同的污水類型找出經濟而合理的HRT是非常關鍵的問題之一。國內外對HRT的研究并沒有局限于研究HRT本身的影響，而是通過實驗去宏觀把握。SHHosseini等副作用MBBR法對含酚類工業廢水進行了實驗研究，結果表明:在一般情況下，隨著HRT的逐漸延長，出水COD濃度會逐漸降低。
同時他也發現了一個更重要的影響因素，即廢水中酚類物質的COD濃度與總的COD濃度的比值(CODph/CODtot)，當這一比值達到0.6(即CODDph的濃度為480mg/L)時，COD的去除效率較高并不受水力停留時間的影響。國內的實驗大多認為出水COD平均濃度隨著水力停留時間的延長而降低，若要縮短水力停留時間可通過加大填料的投加比例(高達70%)來實現，當對出水水質要求不高時可減少填料的投加比例引。另外還有試驗結果表明:在中低氨氛負荷條件下，隨HRT的減少，氨氛填料表面負荷逐步升高，同時去除率維持原有水平或有一定增長;當氨氟負荷升至高水平后隨著HRT的減少，氨氛去除率逐步降低。這些針對HRT的實驗研究結果為今后MBBR法的推廣應用尊定了基礎，但同時也有許多需要改進之外，比如試驗只是單純的考慮HRT本身的影響，沒有把其他因素與HRT的關系有機的結合起來，SHHosseini等在酚類廢水處理的研究中將HRT和其他因素有機的結合起來進行探討，不僅找到實驗較要的影響因素，同時實驗過程中各因素之間的相互影響，相互制約關系也得到了很好地體現。所以針對影響因素的研究我們需要更全面更綜合的考慮。
在影響微生物生理活動的各項因素中，溫度的作用非常重要。溫度適宜，能夠促進、強化微生物的生理活動;溫度不適宜，能夠減弱甚至破壞微生物的生理活動，溫度不適宜還能夠導致微生物形態和生理特件的改變，其至可能使微生物死亡。而微生物的較適溫度是指在這一溫度條件下，微生物的生理活動強勁。旺盛，表現在增殖方面則是裂殖速度快，世代時間短。MBBR法主要是通過生物膜中各種類型微生物的新陳代謝來達到對污水中有機污染物的降解，所以生物膜生長的好壞將直接關系到廢水處理的較終結果，尤其對于硝化菌、反硝化菌而言，它們的生長周期長，且對環境的變化非常敏感，硝化菌的適宜溫度是20℃-30℃，反硝化菌的適官溫度是20℃-40℃，溫度低于15℃時，這兩類細菌的活性均降低，5~C是完全停止所以溫度的變化將直接影響這類細菊的生長。相關實驗結果表明，氨氛填料表面負荷的變化基本與水溫的變化趨勢一致。水溫低時填料表面負荷低水溫高時填料表面負荷約達到水溫低時的15倍。由此可見，硝化細菌受溫度影響大，低溫條件下活性較弱。
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