好氧菌和厭氧菌的主要區別在于它們對氧氣的需求不同。好氧菌在有氧環境中生長繁殖，它們通過有氧呼吸過程利用分子氧作為終電子受體，產生能量。好氧菌在缺乏氧氣的情況下通常不能生長。厭氧菌則在無氧條件下比在有氧環境中生長得更好，它們通過無氧呼吸或發酵過程產生能量，因為它們不能在存在氧氣的情況下生存。