MBBR填料選擇是非常重要的環節
1.材質
MBBR工藝是一次性投加，無須更換生物填料的新型工藝，所以對材質的要求很高，一般選用高純凈度的HDPE材質的生物填料壽命可以達到15年以上。如果使用劣質材質，很容易在后期使用工程中，導致生物填料碎裂，堵塞管道。
2.生產工藝水準
生物填料通過流體力學設計幾何結構，一般為圓柱形多孔狀為主，在制作工程中對生產方的生產工藝技術要求極高，從模具的開發到專業的生產機器和生產過程中溫度，速度的調試都很重要。比如一些壁厚不均的生物填料，很容易韌性不足。
3.比表面積
生物填料的比表面積直接影響到單位立方水體中培養的微生物數量，而培養的微生物數量越多，處理污水能力就越強。但是在實際的填料選擇中并不是只考慮生物填料的比表面積，同時也要考慮填料的直徑大小和孔隙大小。填料直徑大小和攔截網的孔徑相關。填料的孔隙大小，會影響比表面積大小的同時，也會影響到老化生物膜是否容易脫落，目前市場上有些MBBR生物填料比表面積很大，但是孔隙很小，前期掛膜后處理效果很好，但是實際運行一兩年后，老化的生物膜不能脫落，導致后期水質無法達標。
